Томас Хелмер е роден на 21 април 1965 г. в Херфорд.Защитник.
Хелмер започва професионалната си кариера в "Арминия", откъдето преминава в "Борусия" Дортмунд през 1986 г.
През 1992 г. преминава в "Байерн" за рекордните тогава 7,5 млн. марки.Там той се утвърждава като един от най-добрите защитници в Европа и е изключително важен за тима.В 32-рия кръг на сезон 1993/1994 г. "Байерн" побеждава "Нюрнберг" с 2-1 след "гол-фантом" на Хелмер.Точно заради това мачът се преиграва и в повторния двубой "Байерн" побеждава с 5-0.Капитан на "баварците" от 1997 до 1999 г.
Към края на кариерата си записалият 68 мача за Бундестима Хелмер изигра пет мача за "Херта" през 1999 г. и след това премина в "Съндърланд".След като официално прекратява кариерата си през 2001 г., година по-късно записва един мач за амантьорския отбор "Зайлигенпортен".
Томас Хелмер печели три пъти титлата с "Байерн" през 1994, 1997 и 1999 г., носител на купата през 1989 и 1998 г.
През 1996 става шампион на Европа с Бундестима.
В момента Хелмер работи като спортен журналист.
По време на СП-2002 бе специален пратеник на SAT 1 в Япония и Южна Корея.По време на ЕП-2004 в Португалия пък коментираше специално за DSF всичко най-интересно около лагера на Маншафта.