За нещастие на Мюнхен 1860, един от играчите им решава да шамароса 13-годишния Франц Бекенбауер, което го принуждава да обърне гръб на Лъвовете и вместо това да се присъедини към Байерн. Годината е 1958 – началото на уникална кариера.
Повече от 40 години след това, Бекенбауер и Байерн все още си принадлежат както никого до сега. Той е част от отбора, който се класира за Бундеслигата през 1965 г., като малко след това започват да валят титлите: четири титли на Германия (1969, 1972-74), четири медала от купата на страната (1966, 1967, 1969, 1971), три триумфа за КЕШ (1974-76), купата на носителите на национални купи (1967), както и Световното клубно първенство (1976) – всичко това е постигнато с Байерн.
Въпреки това, славата на Кайзера като футболист е увенчана през 1974 г., когато печели Световното първенство. Неговата елегантност, лекотата, с която играе и грациозния контрол над топката му печели хвалебствения прякор. След 396 мача и 44 гола в Бундеслигата, той напуска Байерн през 1977 г., за да доиграе кариерата си в САЩ и отбора на Ню Йорк Космос.
Но, човекът, който печели наградата за Най-добър футболист на Германия четири пъти (1966, 1968, 1974, 1976), започва нова фаза в кариерата си – той заема ролята на национален селекционер. Тази позиция му печели ново уникално постижение: след като печели Световната титла през 1974 г. като играч, Бекенбауер повтаря това постижение и през 1990 г., но този път като треньор. След това, той се завръща вкъщи при Байерн.
От 28 декември 1993 г. до 30 юни 1994 г., а след това и от 29 април 1996 г. до 30 юни 1996 г., той е треньор на най-успешния немски отбор. Неговото кратко ръководство му носи още титли – Бунделсигата през 1994 г. и купата на УЕФА през 1996 г. През 1994 г., Кайзерът е избран за президент на Байерн и голяма част от успехите на гигантите от Мюнхен през следващите години се дължат на пезпогрешното му ръководство.
Бекенбауер е активен и в Немският футболен съюз. Той е избран за вице-президент през 1998 г. и ръководи успешно кандидатурата на Германия за домакин на Световното първенство през 2006 г. В момента той е завеждащ на комитета за организиране на турнири.