Името на Щефан Ефенберг е синоним на един от най-великите периоди в историята на клуба, докато този натурален лидер крачи по световната сцена.
Полузащитникът Щефан Ефенберг – роден лидер, притежаващ страхотната даденост да ръководи и вдъхновява отбора си и в най-трудните и напрегнати ситуации.
Той пристига в Байерн от Борусия Мьонхенгладбах през 1990 г., когато е само на 22 години, но първият му период в Байерн преминава без медали, като той е трансфериран две години по-късно. Завръщането му през 1998 г. съвпада с период на успехи, в които той изиграва главна роля.
Треньорът Отмар Хицфелд прави Ефенберг една от приоритетните си цели и се доверява на номер 11 от самото начало. Играчът се отблагодарява за доверието с невероятни мачове и страхотни успехи, които включват спечелването на Бундеслигата през 1999, 2000 и 2001 г., както и купата през 2000 г. Кариерата му в Байерн достига своя апогей през 2001 г., когато отборът печели Шампионска лига и Световното клубно първенство.
Ефенберг изиграва 160 мача за Байерн, в които отбелязва 35 гола. Той има и 35 участия в националния отбор, с 5 гола, като печели сребърен медал на Европейското първенство в Швеция през 1992 г.
На 5 май 2002 г., преди последния мач от сезона срещу Ханза Рощок, 63 000 фена по трибуните на Олимпиащадион изпраща с аплодисменти Ефе, след като той официално обявява, че напуска клуба. На стадиона е разпънат 20-метров трансперант, който гласи: „Милано 2001, никога няма да забравим! Благодаря, Ефе!“.
„Щефан беше страхотен през четирите сезона, които прекара при нас. Това беше един от най-успешните периоди за Байерн, и много от това се дължи на него”, казва президентът Франц Бекенбауер при сбогуването си с капитана. Хицфелд потвърждава думите на Кайзера: „Щефан е страхотен играч, който изигра огромна роля за всички тези титли на Байерн“.