От 2000 до 2009 г.: Спасението
Първото десетилетие от новия век носи успехи от всякакво естество – 6 шампионски титли, от които 5 са в комплект с купи на Германия. Настъпват решителни действия за клуба като спечелването на Шампионската лига срещу „Валенсия“ през 2001, превръщането на клуба в корпорация, започването на строежа на „Алианц Арена“ и преструктурирането на клуба.
След трагичния финал през 1999 година Оливер Кан, Щефан Ефенберг, Джовани Елбер и компания постигат големи успехи през 2000 година. „Байерн“ сразява „Реал Мадрид“ във втория рунд за Шампионската лига с общ резултат 8-3. Двата отбора се срещат отново на полуфиналите, където обаче „Байерн“ губи с общ резултат 3-2.
Все пак „Байерн“ спечелва Бундеслигата под носа на „Байер Леверкузен“, които загубват изненадващо от „Унтерхахинг“ и така „Байерн“ вдига Сребърната салатиера.
„Байерн“ си отмъщава и на „Вердер“ за Купата на Германия с 3-0 и я спечелва. Оливер Кан е избран за играч на годината.
Спасението: спечелването на ШЛ 2001
Сезон 2000/01 остава паметен за всички фенове на клуба. Тъкмо когато по всичко личи, че „Шалке 04“ ще е шампион на Германия, Патрик Андерсон отбелязва невероятен гол във вратата на „Хамбургер“, което прави „Байерн“ шампион в последната минута. Заради драматичното изплъзване на титлата „Шалке“ бива наречен „шампион на сърцата“.
И през сезон 2001/02 „Байерн“ не остава без титла. Въпреки че не спечелва първенството, купата и ШЛ, „Байерн“ спечелва Интерконтиненталната купа срещу „Бока Хуниорс“ с 1-0 с гол на Сами Куфур.
Сбогуване с Хитцфелд
През сезон 2002/03 „Байерн“ постига нов дубъл. Михаел Балак наследява успешно мястото на Щефан Ефенберг в средата на терена и става „Играч на годината“. Рой Макаай от „Депортиво Ла Коруня“ обаче прекършва амбициите на „Байерн“ в ШЛ. Година по-късно той ще защитава цветовете на „Байерн“.
През 2003 година именно Рой Макаай счупва трансферния рекорд на клуба. „Фантомът“ се превръща в машина за голове на „Байерн“.
За жалост клуба се разделя с един от най-успешните си треньори. След 4 шампионски титли, 2 купи на страната, 1 спечелена ШЛ и Интерконтинентална купа, Отмар Хитцфелд напуска „Байерн“. Единствено Удо Латек може да се похвали с повече постигнати успехи като треньор на „Байерн“. След последния му мач през сезон 2003/4 препълнените трибуни на „Олимпиащадион“ го аплодират на крака. Това е краят на една ера. Феликс Магат наследява Хитцфелд и спечелва нови успехи за „Байерн“ през идните години.
С Магат на новата „Арена“
Феликс Магат изповядва строга дисциплина, високи спортни ценности и добра физическа форма. Той носи рекордния двоен дубъл през сезони 2004/05 и 2005/06.
През май 2005 година след 33 успешни сезона „Байерн“ се сбогува с „Олимпиащадион“ и се премества на супермодерния „Алианц Арена“. Успехите на Магат обаче намаляват драстично и на 31 януари 2007 той бива сменен от предшественика си – Отмар Хитцфелд. За жалост Генерала не успява да спаси „Байерн“ от четвъртото място и първото неуспешно класиране за ШЛ за последното десетилетие. Мемет Шол прекратява кариерата си след 15 години с екипа на „Байерн“, за които спечелва 15 трофея.
През 2007/08 „Байерн“ сменя трансферната си политика. В отбора идват Франк Рибери и Лука Тони. В последната си година като треньор на „Байерн“ Хитцфелд отново спечелва дубъл. Оливер Кан, три пъти избиран за най-добър вратар в света, прекратява успешната си кариера. Хитцфелд поема националния отбор на Швейцария.
Изграждането на модерна тренировъчна база
Юрген Клинсман застава начело на „Байерн“ за сезон 2008/09. Той настоява за изграждането на модерни фитнес зали и зони за отдих. В 28-я кръг бившият треньор на Маншафта бива уволнен след поредица от неубедителни мачове. След него отборът е поет Юп Хайнкес, който успява да спаси сезона и да класира отбора на второ място, което му осигурява и участие в ШЛ.
Източник: fcb-erlebniswelt.de